Der Ort gehörte zur Zeit Ottos I. zum Erzstift Magdeburg. Die ursprünglichen Bezeichnungen des Ortes Bobezz, Bobicz oder Böwitz zeigen die Entwicklung zum jetzigen Namen.
Bebitz, westlich von Lebendorf gelegen, war eine kleine Sorbensiedlung im Fuhne-Saale-Sumpfgebiet. 1370 und um 1400 wird das Dorf erstmals urkundlich erwähnt.
Bebitz wurde ebenfalls im Dreißigjährigen Krieg völlig zerstört, es wurde jedoch erst 1693 mit dem Wiederaufbau des Dorfes begonnen. Das damalige Gutshaus, der heutige Kindergarten, ließ der Gutsbesitzer Gustav Bestehorn im Jahre 1877 erbauen.
Die kleine, 1644 zerstörte Dorfkirche wurde 1693 wieder aufgebaut. Sie besteht aus grauen Bruchsteinen mit gotischen Fenstern, die von Strebepfeilern aus grauem Sandstein von außen verziert sind. Der kleine massive Turm mit einer welschen Haube und Schieferbedachung wurde 1719 - 1744 gebaut und bestimmt das Ortsbild maßgeblich.
Auf dem Gelände der stillgelegten Wilhelmsgrube entstand 1911 das "Flanschenwerk Bebitz", Besitzer war eine Aktiengesellschaft. Das Werk wurde später durch eine Werkssiedlung erweitert.
Bei der Teilnahme im Landes- bzw. Kreiswettbewerb " Unser Dorf soll schöner werden - unser Dorf hat Zukunft " belegte Bebitz den 1.Platz " Schönstes Dorf im Landkreis Bernburg ".